Selve behandlingen foregår ved, at tynde akupunkturnåle stikkes i hud og muskler og stimulerer nervesystemet. Forudsat, at musklen er forkortet og dermed i smerte, vil man ved nålens indførelse mærke en spændingsfornemmelse – som en muskelkrampe eller spjæt. IMS akupunkturen stimulerer helingsprocessen af nerver og muskler. Ubehaget er en naturlig reaktion fra en supersensitiv og forkortet muskel, der spænder omkring nålen, og beskrives ofte som en positiv smerte, der hurtigt forsvinder. Når musklen er afspændt, vil smerten forsvinde og behandlingen efterlader en rar fornemmelse af afspændthed og frihed i muskulaturen.

IMS akupunktur er forbundet med minimale bivirkninger, hvilket sammen med dens virkbare og succesfulde behandling, gør den til et effektivt værktøj. Teknikken supplerer andre fysioterapeutiske behandlingsformer, til at finde og diagnosticere forkortet muskulatur i de dybe muskelgrupper. Med andre ord, kan behandlingen i samspil med andre manuelle teknikker som el-terapi, kinesiologi tape, osteapati og øvelsesterapi/holdtræning, løsne opstrammede muskler, som forårsager smerter.